尿石症对健康的危害主要表现在结石对尿路的局部损伤，结石引起尿路梗阻和并发尿路感染这三方面：
局部损伤：
小的结石，可以在尿路内自由活动，容易磨伤尿路粘膜引起出血、肾绞痛，但是这种局部损伤还是比较轻的。大的比较固定的或鹿角性的尿结石，虽然疼痛并不厉害，但可长期压迫尿路粘膜，使上皮脱落、组织溃疡，以至结石与输尿管管壁形成粘连，严重的还可能引起癌变。
尿路梗阻：
肾、输尿管结石最容易在肾盂输尿管连接处，输尿管跨过髂血管和输尿管部位停留，引起尿路梗阻。尿路梗阻后，梗阻以上的输尿管和肾盂就会扩张、积水，肾脏积水可分为轻度、中度和重度肾积水。肾积水时，肾脏实质受到挤压，影响肾功能，如果肾积水长期没有解决，可使整个肾脏功能丧失功能。要是双侧尿路都有梗阻的话，就会导致尿毒症。
尿路感染：
尿路感染长并发细菌感染，肾积水继法感染后可形成肾积脓，严重的尿路感染还可能造成败血病，威胁人的生命。另外，尿路感染又促进结石的形成，使原有的结石迅速增加。