为了对尿石的成因进行分析，以便于进行治疗，应该对尿石进行分类。
按照尿石形成的原因，可以将结石分为原发性结石和继发性结石两大类。原发性结石一般找不到明确的原因。继发性结石则可以找到其形成的原因，如；梗阻、感染、异物，等等。
按照尿石所在的部位，可以将结石分为上尿路结石和下尿路结石两大类。上尿路结石包括肾结石和输尿管结石；下尿路结石则包括膀胱结石和尿道结石。
按照尿石的成分，可以将结石分为含钙结石（如：草酸钙、磷酸钙）、感染结石（主要成分为磷酸镁铵和羟磷灰石）、尿酸结石（尿酸和尿酸铵）、胱氨酸结石等。
按结石的纯度可以将结石分为单纯结石和混合结石。前者只含有一种成分，但事实上真正的纯结石是很少的；后者含有多种成分。
按照尿石的活动性可将结石分为代谢活动性和代谢非活动性结石两大类。