甲减可以由于多种原因引起，这些原因可以分为先天性和后天性两大类。
(1)先天性原因：①甲状腺不发育或发育不良。②由于先天性的缺陷，造成合成甲状腺激素的一些酶的缺乏，使甲状腺激素的合成发生障碍。③全身很多组织有甲状腺激素的受体，有这种受体甲状腺激素才能发挥作用。当先天性原因引起组织的甲状腺激素受体的缺陷，尽管甲状腺激素的量不少，也会由于受体的缺陷，使甲状腺激素不能发挥作用，从而出现甲减表现。
(2)后天性原因：①长期缺碘，使合成甲状腺激素的原料不足，因而甲状腺激素的生成减少。②甲状腺手术时，将甲状腺全部切除，或切除的甲状腺组织过多。也可引起甲减。③放射性131碘治疗时，131碘用量过大，使甲状腺组织破坏过多，也可出现甲减。④各种甲状腺炎造成甲状腺组织的破坏可以引起甲减。⑤有些药物可以抑制甲状腺激素的生成，因而引起甲减。常见的药物是抗甲状腺药物。⑥下丘脑-垂体病变时因促甲状腺激素不足，使甲状腺生成甲状腺激素的功能减低。