流腮脑炎绝大多数临床经过良好，病死率约为0.2%一0.3%。部分患者可有后遗症，以致终身残废。据上海第二医科大学附属新华儿童医院传染科对158例流腮脑炎念者经0.5—7年不等的随访，发现有轻重不等的后遗症表现者共35例(22.15%)。其中智力异常1例，行为障碍11例，智力异常合并行为障碍8例，癫痫2例，耳聋2例，头晕或头痛、耳鸣7例，遗尿3例，口吃1例，由此看来，流腮脑炎的后遗症并非少见。
后遗症的发生与急性期的临床型别，尤其是发生惊厥次数、持续时间有关。另外从急性期脑电图观察到中等度以上变化与后遗症的发生相关。说明脑电图异常一定程度上反映脑实质损害情况。而在急性期时脑脊液检查无论细胞数与蛋白量的增高与后遗症的发生均无明显相关，因脑脊液的改变往往与脑膜病变的轻重有关。
目前对流腮脑炎的治疗尚缺乏特殊而有效的方法。为使流腮脑炎后遗症病例数减少以至不发生，在易感儿童中普遍进行流腮的预防工作是有必要的。